История МКФ «Микроинвест» началась  в 2002 году, в рамках Программы Безопасности и Стабильности Питания и проектом региональной Программы Микрофинансирования в  Ферганской Долине  ACDI/VOCA.

ACDI/VOCA это частная некоммерческая организация, целью которой является стимулирование всеобъемлющего экономического роста, повышение качества жизни и благосостояния общества в странах с низким уровнем доходов и развивающейся демократией.

ACDI/VOCA учредила две Микрофинансовые Организации (МФО) в Ферганской Долине в марте 2002 – МДТМ в Худжанде, Таджикистан и FV – MARD в г. Андижан, Узбекистан. Целью  программы было предоставление высококачественных микрофинансовых услуг этому исторически важному и густонаселённому региону.

В марте 2002 года ACDI/VOCA завершила процесс найма и обучения персонала и 31 марта были выданы первые займы пяти группам в г. Худжанде. На тот момент, в проекте работали всего 12 человек. Методология, которую ACDI/VOCA использовала в развитии местной организации, была основана на двух других успешных программах ACDI/VOCA осуществляемых в Центральной Азии: 

Казахстанский Фонд Кредитования (КФК), www.kclf.kz;

Финансовый Фонд Бай Тушум (ФФВТ) в Кыргызстане, www.baitushum.kg.      

В январе 2003 года Центр Поддержки Развития Микропредпринимателей  (МДТМ) был официально зарегистрирован как общественное объединение областного уровня в Управлении Юстиции Согдийской Области.

Центр Поддержки Развития Микропредпринимателей  (МДТМ) открыл субофисы в различных районах Согдийской области. Первыми были открыты субофисы в ПГТ Нау Спитаменского района и в ПГТ Пролетарске Дж. Расуловского района в январе 2003 года. В августе 2003 года был открыт субофис в г. Истаравшан. В феврале и декабре 2004 года были открыты субофисы в Бустоне, Мастчинского района и в г. Исфара.  

После принятия Правительством Таджикистана закона «О микрофинансовых организациях»в 2005 году Центр Поддержки Развития Микропредпринимателей  (МДТМ) перерегистрировался и изменил название на Микрокредитный Фонд «МикроИнвест». ACDI/VOCA является исключительным учредителем МикроИнвест. 

В настоящий момент Фонд специализируется на выдаче займов микро-предпринимателям в сфере торговли, услуг, производства, переработка сельхоз продукции и животноводство. 

В 2007 году МКФ «Микроинвест» прошел рейтинг со стороны компании «Микрофинанза Рейтинг», Италия и получил оценку «ВВВ». Также МКФ «Микроинвест» получил грамоты за поддержку спорта и активное участие на  различных общественных мероприятиях на уровне города и области. 

За годы своего существования МКФ «Микроинвест» активно спонсировал различные  спортивные и  благотворительные мероприятия, тем самым демонстрируя социальную ответственность перед обществом. 

МКФ «Микроинвест» начал спонсирование спортсмена Акмала Кадырова из Истаравшана с 2005 года, участника и победителя многих международных соревнований среди людей с ограниченными возможностями. Акмал Кадыров - ныне чемпион мира по армрестлингу и достойно представил Таджикистан на мировом уровне, завоевав титул «Чемпион мира» среди людей с ограниченными возможностями в 2015 году в Польше. 

МКФ «Микроинвест» также в течение многих лет проводит благотворительные акции по сбору игрушек, одежды и продуктов питания для Дома малютки г. Худжанда, тем самым заботясь о детях-сиротах и даруя им радость и тепло, которых им так не хватает.